L’église au Sablon a une grande tradition musicale et ce dès le 15e siècle comme l’attestent plusieurs écoinçons du chœur représentant des instruments de l’époque comme l’organetto.

Au 17e siècle, les Fiocco, compositeurs célèbres assurèrent la direction musicale à la Cour de Bruxelles, mais aussi à l’église au Sablon. En 1700, on inaugura à Bruxelles le premier opéra public belge : le Théâtre de la Monnaie. Fiocco en fut le premier directeur musical. Ses funérailles furent célébrées au Sablon, église à laquelle il dut sa renommée.

L’église eut des orgues dès le16e siècle, mais les grandes orgues actuelles sur la tribune, furent réalisées en 1763 par le facteur Jean-Baptiste Barnabé Goynaut. Le buffet est du menuisier bruxellois Jean Van Gelder. C’est le dernier buffet de cette époque qui subsiste à Bruxelles. Il y eut plusieurs restaurations et en 1989, la remise en état de l’orgue fut confiée au facteur luxembourgeois Georg Westenfelder. Il garda l’esprit de l’instrument et ajouta seulement un pédalier faisant parler sept rangs de tuyaux disposés dans une armoire discrète placée à l’arrière du buffet historique. Ce «quarante-et-un jeux » sur trois claviers et pédalier, constitué par 2.520 tuyaux, accompagne les trois messes dominicales ou emplit de ses sonorités la nef de l’église lors de concerts. La rénovation fut possible grâce au mécénat de la Morgan Guaranty Trust. Le médaillon au sommet de l’orgue représente sainte Cécile, patronne des musiciens.